第二科職掌如左：
一、關於空白國庫支票之請領、保管、登記編報之處理事項。
二、關於國庫支票之簽開繕打封發事項。
三、關於國庫支票印鑑之送存更換事項。
四、關於已簽發國庫支票之附帶及特殊事件之處理事項。
五、關於兌訖國庫支票之保管及處理事項。
六、關於國庫支票誤付、重付、溢付之清理追查事項。
七、關於支付結算編報事項。