事業或污水下水道系統因天然災害或緊急事故發生時，依主管機關之命令所採行之水措，免依本辦法規定申請或變更水措計畫、許可證（文件）。
自來水事業減少供水或輪流供水、停水期間，事業以槽車或其他方式補充其用水來源，且未超出原登記之總用水量時，免依本辦法規定變更水措計畫、許可證（文件）。
事業或污水下水道系統，於作業環境內因土壤、地下水污染整治所產生之水，符合下列規定，且經主管機關依土壤及地下水污染整治法之規定審查同意，應納入廢（污）水處理設施處理者，其所採行之水措，免依本辦法規定申請或變更水措計畫、許可證（文件）：
一、不超過廢（污）水處理設施設計容量，且不超過水措計畫核准文件、許可證（文件）登記之每日最大核准量之百分之十。
二、整治所產生之水超過放流水標準。
三、該廢（污）水處理設施應有足夠功能，處理整治所產生之水所含之污染物。