綜合規劃組掌理事項如下：
一、施政計畫與方案之彙辦、管制、考核及評估。
二、環境管理與土壤、底泥與地下水污染預防、整治政策、法規之研擬、推動、執行及督導。
三、環境管理國際交流業務之研擬、推動及執行。
四、環境管理數位工具與資訊整合平臺之建置、運用、管理及維護。
五、法制、訴願與國家賠償事件之審議及處理。
六、本署資訊應用服務、應用環境與資通安全之規劃、推動及管理。
七、土壤、底泥與地下水污染預防、監測、整治之督導、輔導及核定。
八、土壤與地下水污染查證工作之規劃、研擬、推動及督導。
九、土壤及地下水污染整治基金收支、保管與運用之規劃、審議、執行及督導。
十、其他有關綜合規劃事項。