綜合企劃科掌理事項如下：
一、阿里山林業文化園區與鐵路資產等相關保存業務中長程計畫、年度計畫之提報、執行及管制。
二、阿里山林業文化園區與鐵路歷史建築之研究調查、保存再利用、場域整合活化、維護及景觀協調。
三、阿里山林業文化與鐵路基礎調查研究與修復計畫之提報、文物蒐集、執行及管制。
四、阿里山林業鐵路博物館之規劃、建置及經營管理；阿里山林業文化與鐵路文化之推廣、宣傳及教育活動執行。
五、開發結合鐵路沿線生態、觀光、文化複合場域、聚落市集與友善農業文化生態旅遊軸帶之規劃、推廣及行銷。
六、阿里山林業文化園區與鐵路形象之塑造、行銷及姊妹鐵路國際合作交流。
七、阿里山林業文化及鐵路世界文化遺產之推動。
八、阿里山林業文化與鐵路文化文創、附屬事業之規劃、建置、行銷及管理。
九、其他有關綜合企劃事項。