申請人應每年繳交納管輔導金予直轄市、縣（市）主管機關或其指定之代收機構，至取得特定工廠登記為止。
申請人於中華民國一百零九年三月二十日起第一年申請納管者，應一次繳清第一年納管輔導金；於第二年申請納管者，應一併補繳交第一年之納管輔導金。申請納管後，應於每年三月十九日前繳交當年度納管輔導金。
第一項納管輔導金依第三條第一項第一款納管申請書記載之廠地面積計算：面積在三百平方公尺以內者，繳交新臺幣二萬元；超過三百平方公尺者，每增一百平方公尺，加計新臺幣五千元；不足一百平方公尺者，以一百平方公尺計算。但每件每年最高繳交金額以新臺幣十萬元為限。
申請人取得特定工廠登記當年之納管期間不滿一年者，納管輔導金按實際納管日數占全年日數之比例計收。
申請人未依前四項規定繳交納管輔導金者，直轄市、縣（市）主管機關應通知其於三十日內補繳，屆期未依規定繳交者，應以書面駁回納管申請；其工廠改善計畫經核定者，應予以廢止。