本基金之收支、保管及運用，應設海洋污染防治基金管理會（以下簡稱本管理會），置委員十七人至二十三人，其中一人為召集人，由本會主任委員兼任；一人為副召集人，由本會主任委員指派本會副主任委員一人兼任；其餘委員，由本會就下列人員聘（派）兼之：
一、本會相關業務主管。
二、本會所屬機關（構）首長或副首長。
三、主管經濟、環保、財政或其他有關機關（構）代表。
四、具備海洋污染防治、海洋保育、財政、會計、法律相關專業之專家、學者。
五、海洋污染防治費徵收對象代表、關注海洋污染防治議題之民間團體代表。
前項第四款及第五款委員不得少於委員總人數二分之一。
本管理會委員任一性別比例不得少於委員總人數五分之二。
本管理會委員任期二年，期滿得續聘（派）之，均為無給職。由機關（構）代表、徵收對象代表、民間團體代表出任者，其職務異動時，應予改派，補足原任期；專家或學者出缺時，應予補聘，其任期至原任期屆滿之日止。