事業或污水下水道系統辦理水措計畫或許可證（文件）之申請、變更或展延前，須先繪製全廠（場）空氣、水、廢棄物、毒性及關注化學物質污染流向示意圖，檢視污染在不同介質間之流向及在各類環保許可證（文件）間之關連。

事業或污水下水道系統向核發機關提出水措計畫或許可證（文件）之申請、變更或展延，有涉及其他類環保許可證（文件）之申請、變更、異動或展延者，須同時依各該環保法規規定提出其他類環保許可證（文件）之申請、變更、異動或展延。但可提出未實質涉及其他類環保許可證（文件）之申請、變更、異動或展延者，不在此限。

經核發機關確認有涉及其他類環保許可證（文件）之申請、變更、異動或展延而未同時提出者，核發機關得續依本辦法規定審查，並通知事業或污水下水道系統應提出其他類環保許可證（文件）之申請、變更、異動或展延。