遇有重大突發事件、影響臺灣地區重大利益情形或於兩岸互動有必要者，經主管機關協調大陸委員會等相關機關專案許可，大陸地區人民得申請進入臺灣地區從事與許可目的相符之活動，或專案許可延長停留期間。
大陸地區人民於中華民國一百零一年十二月三十日至一百零五年一月十五日期間曾經許可進入臺灣地區長期探親，且有下列情形者，為在臺灣地區繼續就讀五年制專科學校、一般大學或科技校院學士學位，得經主管機關會同教育部及大陸委員會專案許可其進入臺灣地區長期探親：
一、曾在臺灣地區就讀五年制專科學校、一般大學或科技校院學士學位者，且現仍具上開學制學籍。
二、現已申請專案居留排配中，且無大陸地區人民在臺灣地區依親居留長期居留或定居許可辦法第二十六條第一項、第二項及第二十七條第一項、第二項情形者。
三、被探對象仍存續。
四、於本辦法一百零一年十二月二十八日修正發布施行後，已滿二十歲出境。
為有助於政府推動全球佈局、企業營運總部政策，或提升臺灣地區產業或經濟利益，對非任職於第三十五條所定跨國企業或非屬第三十九條附表四所定之大陸地區人民，因企業內部調動而有進入臺灣地區之必要者，得經大陸委員會會同主管機關及相關目的事業主管機關專案許可進入臺灣地區。