自由港區事業存儲之貨物，未依第三十條規定辦理或經查核無故短少者，除應負責補繳短少貨物之有關稅捐外，得由海關予以警告或處新臺幣三萬元以上三十萬元以下罰鍰，並命其限期改正；屆期未改正者，得按次處罰；經處罰三次仍未完成改正者，得由海關停止其六個月以下之進儲貨物或由自由港區管理機關廢止其營運許可。

自由港區事業如有其他違法漏稅情事者，依有關法律之規定處理。