軍事機關運作毒性化學物質之管理權責如下：
一、國防部：毒性化學物質管理政策及法規之訂定，並督導所屬毒性化學物質運作單位之管理。
二、國防部陸軍司令部、海軍司令部、空軍司令部（以下簡稱各司令部）、後備指揮部、憲兵指揮部（以下簡稱各指揮部）、軍備局、軍醫局（以下簡稱各局）、國防大學：
（一）訂定毒性化學物質管理規定與督導。
（二）督導所屬毒性化學物質運作單位，訂定毒性化學物質運作場所危害預防及應變計畫。
（三）督導所屬毒性化學物質運作單位，依規定向直轄市、縣（市）主管機關申報運作紀錄，並報請國防部備查。