綜合企劃組職掌如下：
一、水利政策、組織、制度及其相關事項之擬訂及推動。
二、水利法、水利法施行細則之研擬。
三、水利經濟及知識型水利產業之推動。
四、水資源審議委員會及水資源協調會報幕僚作業事項。
五、水利人員之教育與培訓及年度出國計畫之規劃與推動。
六、國際合作及交流事務之推動。
七、水利業務宣導計畫之推動執行與水資源知識之管理及出版。
八、水資源永續發展之推動。
九、水利技師及水利團體之指導。
十、一般民間團體或學術機關（構）辦理水利相關活動或研討會之補（捐）助事項。
十一、年度公共建設及社會發展計畫之先期作業。
十二、國土、縣市綜合開發計畫及區域計畫之會審。
十三、年度公共建設計畫、重要施政與特定專案計畫之管制考核及彙辦。
十四、年度與施政計畫研擬、績效檢討與評估及重要列管計畫成果彙編事項。
十五、水利科技計畫之研擬、規劃及推動。
十六、年度委辦計畫之管理。