本條例所需經費上限為新臺幣二千五百億元，以特別預算方式編列，其預算編製不受預算法第二十三條不得充經常支出規定之限制。但經費額度因匯率變動影響超過上限部分，以總預算方式編列。
前項所需經費來源，得以移用以前年度歲計賸餘或舉借債務方式辦理；其每年度舉借債務之額度，不受公共債務法第五條第七項規定之限制。中央政府總預算及特別預算於本條例施行期間之舉債額度合計數，不得超過該期間總預算及特別預算歲出總額度合計數之百分之十五。
本條例施行期間舉借之一年以上公共債務未償餘額預算數，應依公共債務法第五條第一項規定辦理。