受收容人涉及刑事案件已進入司法程序者，移民署於知悉後執行強制驅逐出國十日前，應通知司法機關；除經司法機關認有羈押或限制出國之必要，而移由司法機關處理者外，移民署得執行強制驅逐受收容人出國。
本法中華民國一百零四年一月二十三日修正之條文施行前，有修正施行前第三十八條第一項各款情形之一之外國人，涉及刑事案件，經司法機關責付而收容，並經法院判決有罪確定者，其於修正施行前收容於第三十九條收容處所之日數，仍適用修正施行前折抵刑期或罰金數額之規定。
本法中華民國一百年十一月二十三日修正公布，一百年十二月九日施行前，外國人涉嫌犯罪，經法院判決有罪確定，於修正施行後尚未執行完畢者，其於修正施行前收容於第三十九條收容處所之日數，仍適用修正施行前折抵之規定。
本法中華民國一百零四年一月二十三日修正之條文施行前，已經移民署收容之外國人，其於修正施行時收容期間未逾十五日者，移民署應告知其得依第三十八條之二第一項規定提出收容異議，十五日期間屆滿認有續予收容之必要，應於期間屆滿前附具理由，向法院聲請續予收容。
前項受收容人之收容期間，於修正施行時已逾十五日至六十日或逾六十日者，移民署如認有續予收容或延長收容之必要，應附具理由，於修正施行當日，向法院聲請續予收容或延長收容。
前二項受收容人於本法中華民國一百零四年一月二十三日修正之條文施行前後收容之期間合併計算，最長不得逾一百日。