內銷課稅區之保稅貨品，應繕具報單，報經海關補徵進口稅捐後，始准放行出區；其屬貿易主管機關公告限制輸出入貨品項目者，須經管理局核准；屬售予課稅區廠商再加工外銷者，應另行報明並加附一份退稅用報單副本由海關驗證後逕送退稅單位，供加工外銷出口後辦理退稅。
前項內銷課稅區之貨品，發現損壞或規格、品質與原訂合約不符，須由園區事業賠償或調換者，園區事業在原貨品放行後一個月內提出申請，並檢附有關證件，經海關查明屬實者，免繳關稅。
機器、設備內銷課稅區後，運回園區修理、裝配者，應依關稅法相關規定辦理。
內銷課稅區之產品依下列方式之一課徵關稅：
一、國內有產製者，按出廠時形態完稅價格減除百分之三十後之餘額課徵進口關稅。
二、其產品為國內尚未能產製者，依所使用原料或零件課徵進口關稅。