審核機關受理第十二條、第十八條、第二十四條、第二十七條、第二十八條及第三十條規定之申請，應依下列程序完成審查，且審查範圍不得及於申請項目或內容以外之事項，並將審查結果作成准駁決定：
一、形式審查：審核機關應於收到網路申請及書面資料後，就申請文件內容進行書面完整性審查，並自收件日起七日內完成審查及通知公私場所於七日內繳納審查費。
二、實質審查：審核機關應自公私場所完成繳費翌日起三十五日內完成實質審查、諮詢及通知審查結果。
前項審查於必要時，審核機關得延長實質審查期限十五日；受理第一類固定污染源設置、操作許可證之申請，其實質審查期間得延長三十日；受理符合第十四條或第十五條規定固定污染源之設置許可證申請，其實質審查期間得延長四十五日。
審核機關實質審查下列申請，應進行現場勘查：
一、許可證展延。
二、依第二十七條第一項第一款不需重新進行檢測或同條項第二款操作許可證異動。
三、依第二十八條第一項重新申請燃料使用許可證。
第一項申請屬設置或操作許可證者，審核機關應於公私場所完成繳費翌日起，將申請資料公開於中央主管機關指定之網站七日，於資訊公開結束翌日，開始實質審查。但因許可證異動重新申請或許可證展延者，不在此限。