本基金之管理機關為衛生福利部（以下簡稱本部），下設各基金之管理機
關，除醫療發展基金同為本部外，其餘如下：
一、全民健康保險紓困基金：本部中央健康保險署。
二、藥害救濟基金、食品安全保護基金：本部食品藥物管理署。
三、菸害防制及衛生保健基金：本部國民健康署。
四、預防接種受害救濟基金、疫苗基金：本部疾病管制署。