出進口人有第十六條第四項第一款至第五款規定情形之一者，經濟部國際貿易局得視情節輕重，處新臺幣六萬元以上三十萬元以下罰鍰、收回配額或停止該項貨品三個月以上六個月以下輸出、輸入或輸出入，並得取銷實績、停止三個月以上六個月以下申請配額資格或廢止其出進口廠商登記。
出進口人有第十六條第四項第六款至第八款規定情形之一者，經濟部國際貿易局得予以警告、處新臺幣三萬元以上十五萬元以下罰鍰、收回配額或停止該項貨品一個月以上三個月以下輸出、輸入或輸出入，並得取銷實績或停止一個月以上三個月以下申請配額資格。
為防止涉嫌違規出進口人規避處分，在稽查期間，經濟部國際貿易局得對其所持配額予以全部或部分暫停讓出或凍結使用。