免稅商店保稅貨物於存儲期間，遭受損失或損壞，經海關查證屬實者，準用本法第五十條及本法施行細則第三十九條規定辦理。

免稅商店保稅貨物於存儲期間，經海關查證業者有非法提運、遺失、遭竊或其他原因致貨物短少者，業者應負責補繳短少之進口稅費。

前項因失竊而致短少之貨物，經向警察機關報案取得證明，報經監管海關查明屬實者，自失竊之翌日起三個月內，按貨物進口（視同進口）時之價格與稅率補稅除帳。失竊貨物尚在追查中者，監管海關得依納稅義務人之申請，准其繳納相當之保證金。其在補稅期限屆滿之翌日起三個月內找回者，退還保證金，屆期仍未找回者即以保證金抵繳稅款結案。