船舶所有人未依規定申請施行定期檢查、特別檢查且逾期滿五年時，由航政機關通知船舶所有人於三個月內辦理；屆期仍未辦理，而無正當理由者，由航政機關公告三個月；公告期滿未提出異議者，得逕行註銷第十一條之船舶文書，並註銷登記或註冊。
全長未滿二十四公尺，且乘員人數十二人以下自用遊艇之所有人未依規定提送自主檢查表逾期滿五年時，航政機關依前項程序辦理；公告期滿未提出異議者，得逕行註銷遊艇證書，並註銷登記或註冊。
經航政機關逕行註銷登記或註冊之船舶，如事後發現有存在事實，船舶所有人得檢具相關文件，向航政機關重行申請施行特別檢查及核發相關文書，並回復登記或註冊。