本辦法施行前，為設置地熱能發電設備取得直轄市或縣（市）政府核發之溫泉開發許可者，得於本辦法施行日起一年內，檢附以下文件向主管機關提出開發許可之申請，不受第八條至第十一條規定限制：
一、直轄市或縣（市）政府核發之溫泉開發許可文件。
二、直轄市或縣（市）政府依前款程序所核定之計畫書件。
三、其他經主管機關指定之文件。
本辦法施行前，已依直轄市或縣（市）政府核發之溫泉開發許可並取得地熱能發電設備之電業執照或再生能源發電設備登記文件者，得依現況使用情形，於本辦法施行日起六個月內，檢附下列文件向主管機關補辦許可，不受第八條至第十一條規定限制：
一、電業執照或再生能源發電設備登記文件。
二、直轄市或縣（市）政府核發之溫泉開發許可文件。
三、直轄市或縣（市）政府依前款程序所核定之計畫書件。
四、其他經主管機關指定之文件。
前二項申請案，主管機關經審查通過後，應依第十八條規定核發地熱能開發許可。
依第二項規定申請並經主管機關核發地熱能開發許可者，得向水利主管機關申請變更水權登記之水權年限，並以本條例第十五條之三規定之年限扣除其已取得電業執照或再生能源設備登記文件之總年限後之剩餘年限為上限。