快遞業者違反第十一條第二項規定，將進出口非文件類之貨物以快遞文件類之簡易申報單辦理通關者，由海關依關稅法第八十七條規定，處新臺幣六千元以上三萬元以下罰鍰，並得命其限期改正；屆期未改正者，按次處罰；處罰三次仍未完成改正或違規情節重大者，得停止六個月以下快遞貨物通關之業務或廢止其登記。

快遞業者未依第十一條第三項規定拆盤（櫃）供海關查驗者，或違反第十二條第一項規定，將不得簡易申報之貨物，以簡易申報方式辦理通關者，由海關依關稅法第八十七條規定，予以警告或處新臺幣六千元以上三萬元以下罰鍰，並得命其限期改正；屆期未改正者，按次處罰；處罰三次仍未完成改正或違規情節重大者，得停止六個月以下快遞貨物通關之業務或廢止其登記。

快遞業者違反第十二條之一第二項或第十二條之二規定，未經海關核准擅自併袋或拆袋，由海關依關稅法第八十七條規定，予以警告或處新臺幣六千元以上三萬元以下罰鍰，並得命其限期改正；屆期未改正者，按次處罰；處罰三次仍未完成改正或違規情節重大者，得停止六個月以下快遞貨物通關之業務或廢止其登記。