保稅工廠經廢止登記後，其保稅物品依下列規定辦理：
一、所有保稅物品，應由海關封存或與保稅工廠聯鎖於該工廠之倉庫內，海關應不定期派員巡查，必要時得予保管。
二、經廢止其登記之保稅工廠應向監管海關洽訂或由監管海關逕予訂定盤存日期，依照第二十條有關規定辦理盤存（簡稱結束盤存），如實際盤存數量與帳面結存數量不符時，依第二十一條第一項規定辦理。
三、經盤存之保稅物品，除依第四款規定辦理者外，監管海關應即按結存數量發單課徵各項稅捐（成品及半成品概按其所使用保稅原料之形態核課稅捐）。
四、在海關未發單徵稅前，如因生產或外銷之需要或售與科學園區園區事業、科技產業園區區內事業、農業科技園區園區事業及自由港區事業或其他保稅工廠者，保稅工廠得提供相當稅款金額之擔保，報經監管海關核准後提領使用保稅物品。但應於核准之翌日起一年內檢附出口證明文件向監管海關辦理銷案，屆期未銷案者，由海關就擔保品抵繳應納稅捐。
未能依前項規定辦理結束盤存者，海關得逕依帳面結存數量課徵各項稅捐。
設立保稅工廠之公司經法院破產宣告且海關尚未廢止保稅工廠之登記前，保稅物品應依破產法及其相關規定辦理，如有提領使用保稅物品需要者，得提供相當稅款金額之擔保，報經監管海關核准後提領使用，並應於核准之翌日起一年內向監管海關辦理銷案，屆期未銷案者，由海關就擔保品抵繳應納稅捐。