物流中心業者有下列情事之一者，由海關依關稅法第九十條規定，予以警告或處新臺幣六千元以上三萬元以下罰鍰，並得命其限期改正；屆期未改正者，按次處罰；處罰三次仍未完成改正者，得停止其三個月以下期間保稅貨物進儲：
一、物流中心登記事項變更，未依第八條第二項及第三項規定辦理。
二、未依第十六條規定由物流中心或與其訂定契約之運輸業辦理運送貨物。
三、未依第十七條之一規定負責露天處所存儲貨櫃（物）之安全與管理。
四、未依第十八條第一項規定列印報表或依第九條第三項規定通關後進儲之貨物，未依第十八條第一項規定之存倉期限辦理出倉。
五、未依第十九條規定辦理盤存等相關事項。
六、未依第二十二條第二項及第三項規定提供驗貨場地、辦公處所、必要之機具、人力及裝櫃明細表。
七、依第二十三條第一項規定運出辦理檢驗、測試、重整或簡單加工，未於同條第四項規定期限運回。