測定機構有下列情形之一者，依空氣污染防制法第七十條、噪音管制法第三十二條第二項各該罰則規定辦理：
一、違反第十條第三項、第十六條第一款、第二款、第四款、第十七條第一項、第十八條第一項、第二項、第十九條第二項或第二十條第一項規定。
二、違反第十六條第三款規定，未依檢驗室管理手冊之人員、設備、要求事項、標單與合約之審查、方法的選用及驗證、取樣、測試車輛之處理、技術紀錄、測定報告、管理系統的文件管制或紀錄的管制之規定執行業務。
三、違反第十九條第一項規定。但屬測定機構非檢驗室主管或品保品管人員之測定人員未依第十九條第一項規定期限內辦理變更登記之情形，以一年內累計達三人次。
四、申請許可文件、檢驗室測定人員之設置、測定或數據處理過程、測定報告或其他申報資料虛偽不實。
測定機構於執行機動車輛排放空氣污染物及噪音測定業務有下列情形之一者，屬情節重大，除處罰鍰外，得依前項各該法律規定命其停業，必要時，並得廢止其許可證或勒令歇業：
一、申請許可文件、測定人員之設置、測定或數據處理過程、測定報告或其他申報資料虛偽不實。
二、相同測定項目於一年內違反第十六條第二款、第三款規定，經主管機關處分三次。
三、測定機構與指定測定機構相關性測試測定結果之差值，連續二次超過中央主管機關規定之容許範圍，經限期改善而仍未完成改善。