暖暖支局掌理轄區內之進出口貨物通關事宜。分設六股，各股之職掌如左
：
一、進口業務一股：
(一) 進口報單收單、建檔。
(二) 進口貨物之分類估價 (稅則第一章至第八十三章) 。
(三) 疑似大陸物品及到貨不符案件之處理。
(四) 行政救濟案件之處理。
(五) 進口貨樣之管理及送外化驗。
(六) 進口貨物賠償或掉換案件之處理。
二、進口業務二股：
(一) C1 報單之審核。
(二) 進口貨之分類估價 (稅則第八十四章至第九十七章) 。
(三) 疑似大陸物品及到貨不符案件之處理。
(四) 行政救濟案件之處理。
(五) 進口貨物賠償或掉換案件之處理。
(六) 三角貿易、退運及復運進口案件之處理。
三、進口業務三股：
(一) 特別准單及進口證明書之核發。
(二) 補稅及現金退稅案件之處理。
(三) 艙單核銷及轉運申請書之辦理。
(四) 核發稅款繳納證及各種稅費之帳務處理。
(五) 保稅案件之處理。
(六) 貨物稅證照及菸酒專賣憑證之核發。
(七) 押款案件之辦理。
(八) 一般行政管理事項。
四、出口業務股：
(一) 出口報單之收受、建檔，免驗、申驗之審核及放行。
(二) 侵犯智慧財產權及保育類野生動物及其產製品及離岸價格更改案件
之處理。
(三) 商港建設費及推廣貿易服務費繳納證之換發、補發及暫銷。
(四) 出口報單之電腦審核。
五、稽查股：
(一) 貨櫃集散站、進出口貨棧及保稅倉庫之監管。
(二) 保稅貨物出棧之檢查。
(三) 看樣、取樣、公證、打包、重新包裝及換櫃之監視。
(四) 破損貨物、短溢卸報告之查核。
(五) 轉運貨櫃及出口貨櫃案件之處理。
(六) 進出口貨物加作嘜頭、箱號之監視。
六、驗貨股：
(一) 進出口貨物之查驗及取樣。
(二) 緝私報告之繕寫。