乙種編制海巡隊分設二組，各組掌理事項如下：
一、第一組：
(一) 關於管轄海域巡防勤務、業務之規劃、執行事項。
(二) 關於所屬船艇維修、保養業務與料件管理之執行及陳報事項。
(三) 關於事務用品之購置、管理、維修事項。
(四) 關於辦公處所與水電之管理及維護事項。
(五) 關於所屬人員服裝、勤務裝備、車輛等後勤管理事項。
(六) 關於文書處理之規劃、執行事項。
(七) 關於印信之蓋用及典守事項。
(八) 關於管轄區內為民服務工作之推行事項。
(九) 關於管轄區內公共關係業務之推展事項。
(十) 關於法規業務之管理事項。
二、第二組：
(一) 關於所屬人事業務之管理事項。
(二) 關於政風維護、勤務督察及內部管理業務之規劃、執行事項。
(三) 關於管轄區內海洋事務、海洋保育、海洋資訊業務之執行事項。
(四) 關於所屬人員教育訓練、研習、進修業務之執行事項。
(五) 關於所屬人員薪資給與及經費表冊之編報、轉發事項。
(六) 關於各類獎金申領表冊之編報及轉發事項。
(七) 其他有關財務、出納業務之執行事項。
(八) 關於管轄區內海域犯罪偵防業務之規劃執行事項。
(九) 關於管轄區內海域犯罪案件之偵辦及違規事件之處理事項。
(十) 關於刑案資料、違規紀錄之建置、處理及轉報事項。
(十一) 關於勤務指揮中心業務之規劃、執行、督導及考核事項。