事業或污水下水道系統辦理變更許可證（文件）時，應填具申請表，並檢附與變更有關之文件及申請資料確認書，送核發機關審查。納管事業且無排放廢（污）水於地面水體者，辦理變更水措計畫時，亦同。
違反本法經主管機關處停工（業）或令限期改善而自報停工（業）之事業，須繼續營運時，領有排放許可證（文件）者，應依本法第六十三條規定辦理復工（業）；未依規定領有水措計畫或許可證（文件）者，應依本辦法申請水措計畫或許可證（文件）。
依本法第六十三條第三項規定申請復工（業）者，應併同提出排放許可證（文件）登記事項變更，直轄市、縣（市）主管機關應按其查驗及評鑑結果核准登記事項，核准復工（業）。
第一項及第三項水措計畫核准文件或許可證（文件）之變更，涉及變更廢（污）水（前）處理設施或污泥處理設施，且須進行工程改善或功能測試者，經審查核准之水措計畫核准文件或許可證（文件），有效期限重新起算，最長不超過五年。