直轄市、縣（市）主管機關依本辦法辦理再生能源發電設備認定、撤銷、廢止及其他相關業務，應將申請案之申請表及檢附文件等檔案資料建檔並掃描傳送至中央主管機關建置之資訊系統；變更時，亦同。

直轄市、縣（市）主管機關應配合中央主管機關辦理再生能源發電設備認定與查核及其教育訓練、業務座談、研習，並應於每月十五日前，依規定格式填報前一月辦理再生能源發電設備認定與查核業務月報表（附件九），及每年一月三十一日前將前一年度辦理再生能源發電設備認定與查核業務年報表（附件十），報請中央主管機關備查。

中央主管機關得定期派員或委託專業機構執行業務訪視。必要時，得不定期為之。直轄市或縣（市）主管機關不得規避、妨礙或拒絕。