依本條例第十八條第二項規定，自由港區事業辦理有關遭竊、災損之帳務處理事項如下：
一、自由港區事業之免稅貨物遭竊，應向自由港區管理機關及警察機關報案並取得證明，並自失竊之翌日起三個月內補稅除帳；其有特殊情形，得向海關申請提供保證金，暫免補稅，但最長不得超過失竊之翌日起六個月。期滿仍未尋回，海關即將保證金抵繳稅費結案，尋回部分則退還保證金。
二、自由港區事業之免稅貨物於存儲期間，遭受水災、風災、火災或其他天然災害而致損毀，於災害事實終止之翌日起一週內申報，並由自由港區管理機關證明者，得核實除帳；其產生之廢品，依前條第四款規定辦理稅費徵免。
免稅貨物於存儲期間，如已無商業銷售價值者，得依前條第四款規定辦理。