輸出我國籍漁船者，應填具申請書（格式如附件一）並檢附下列文件，向船籍所在地直轄市或縣（市）政府核轉中央主管機關許可並核發貨品出口同意書，始得辦理輸出：
一、漁業執照正本、影本各一份及配油手冊正本。
二、船舶國籍證書或小船執照影本二份。
三、買賣契約書影本二份。
四、經我國駐外使領館、代表處、辦事處或其他外交部授權機構（以下簡稱我國駐外館處）認（驗）證之船旗國同意該船設籍之證明文件正本、影本各一份。
五、經我國駐外館處認（驗）證之船旗國漁業主管機關出具該國將負起管理該船之責任，並遵守相關區域性漁業管理組織管理措施之證明文件正本、影本各一份。
六、申請輸出鰹鮪圍網漁船者，應另檢附經區域性漁業管理組織或船旗國認證事先汰換鰹鮪圍網漁船之證明文件正本，該文件應載明國籍、總噸數、區域登記號碼等事項。
輸出漁獲物運搬船至國外作為商（貨）船使用者，免附前項第五款文件。
輸出鰹鮪圍網漁船至中西太平洋開發中小島國，且該國符合下列情形者，免附第一項第六款文件：
一、鰹鮪漁業資源豐富。
二、專屬經濟海域已有作業天數管理機制。
三、與我國就專屬經濟海域之漁業作業天數有相關商業合作。
四、與我國共同合作打擊非法、未報告、不受規範漁撈作業。