本署掌理下列事項：
一、農田水利政策與法規之規劃、研擬、協調、執行及推動。
二、農田水利事業灌溉管理組織設置、監督、輔導與管理規章之研擬及推動。
三、農田水利之研究及國際交流。
四、農田水利事業作業基金使用、收益、處分、保管制度之研擬、推動及執行。
五、農田水利資源調查之規劃、推動及協調。
六、農業灌溉水源工程之規劃、執行及推動。
七、農田水利災害防救業務之規劃、執行及推動。
八、農田灌溉、農田排水與農地重劃完成地區等農業工程更新改善計畫之規劃、督導、執行及推動。
九、農業灌溉水質管理、農業灌溉用水之調度與協調、農田水利設施維護與管理之規劃、執行、推動及督導。
十、其他有關農田水利事項。