經核准實施投資計畫之園區事業，應於核准之日起二個月內，依核准之公司資本額或分公司營運資金、有限合夥出資額總額千分之三計算，以現金或政府債券繳納投資保證金；於核准之日起六個月內，遷入科學園區（以下簡稱園區）辦妥公司、分公司或有限合夥登記。
前項期限屆滿仍未完納投資保證金或未遷入園區辦妥公司、分公司或有限合夥登記者，管理局得廢止其投資核准，未承租土地或廠房者，退還原繳納之投資保證金。但有正當理由者，得申請延展。
園區事業於公司、分公司或有限合夥登記未滿一年，因業務需要申請增資案件者，仍應依核准增加之資本額、營運資金或出資額金額千分之三，繳納投資保證金。但申請增資時，已經評定完成投資計畫者，不在此限。