本局掌理下列事項：
一、園區研究發展、綜合規劃、管制考核。
二、人才培訓、研發獎助、產學合作、實驗中小學聯繫協調。
三、作業基金之財務規劃、調度、稽核及管理。
四、園區投資引進、園區事業營運管理、外匯及貿易業務、僑外投資管理。
五、工商行政與減免稅捐證明之核發、外籍專門性技術性人員聘僱管理、服務業引進及管理、安全防護。
六、園區工商團體之協調與聯繫、勞工行政、職業安全衛生管理、勞動檢查、性別工作平等及環境保護。
七、園區土地、廠房、住宅之管理、土地使用管制、建築管理、景觀規劃管理。
八、園區土地之開發與建物之建設、維護及用水、用電計畫管理、交通管理。
九、其他依科學園區設置管理條例第六條規定由本局辦理之事項。