本館掌理事項如下：
一、依考古學、人類學、古生物學、古環境學等，從事臺灣史前、環太平
洋文化生態之研究等事項。
二、臺灣史前及環太平洋文化生態展示教育之研究、規劃、設計、出版、
說明及標本蒐集、製作、典藏維護、管理等事項。
三、遺址公園之調查規劃、發掘、研究、典藏、保存維護、經營管理、設
施維護、植栽美化、水土保持及生態保育等事項。
四、營運管理、館務規劃、推廣教育、行銷、學術及館際交流、圖書期刊
企劃與執行、各級學校與社會教育輔導及相關出版品之編纂、發行等
事項。