本部主管憲兵軍事事務，掌理下列事項：
一、政治作戰之規劃、督導及執行。
二、督察業務與法律事務之規劃、督導及執行。
三、人事管理、教育、史政與一般行政業務之規劃、督導及執行。
四、情報工作與犯罪偵查之規劃、督導及執行。
五、作戰、衛戍、動員與訓練之規劃、督導及執行。
六、後勤事務之督導、協調及管制。
七、通信資訊之規劃、督導及執行。
八、建軍政策與軍隊建立發展之規劃及督導。
九、其他事務之規劃、督導及執行。