本條例第三條第一項所定權利內容不完整或與現行法令規定不符之地籍登記，包括下列各款情形：
一、以日據時期會社或組合名義登記之土地。
二、以神明會名義登記之土地，或本條例施行前以神明會以外名義登記，具有神明會性質及事實之土地。
三、中華民國三十八年十二月三十一日以前以典權或臨時典權登記之不動產質權、贌耕權、賃借權或其他非以法定不動產物權名稱登記之土地權利。
四、中華民國三十八年十二月三十一日以前登記之抵押權。
五、中華民國四十五年十二月三十一日以前登記之地上權，未定有期限，且其權利人住所不詳或行蹤不明，而地上權人在該土地上無建築改良物或其他工作物者。
六、中華民國三十四年十月二十四日以前之查封、假扣押、假處分登記。
七、共有土地，各共有人登記之權利範圍合計不等於一。
八、土地總登記時登記名義人登記之所有權權利範圍空白且現仍空白者。
九、土地總登記時或金門、馬祖地區實施戰地政務終止前，登記名義人姓名、名稱或住址記載不全或不符者。
十、非以自然人、法人或適用監督寺廟條例之寺廟名義登記之土地權利。
十一、原以寺廟或宗教團體名義登記，於中華民國三十四年十月二十四日前改以他人名義登記之土地，自始為該寺廟或宗教團體管理、使用或收益者。
十二、以神祇、未依法登記之寺廟或宗教團體名義登記之土地。
十三、日據時期經移轉為寺廟或宗教團體所有，而未辦理移轉登記或移轉後為日本政府沒入，於本條例施行時登記為公有土地。