六堵分局掌理轄區內之進出口貨物通關事宜。分設七課、二十四股，各課
、股之職掌如左：
一、總務課掌理印信、文書，庶務及出口報單之審核檔存等事項。分設三
股辦事。
(一) 總務股：
1 文書及印信之管理。
2 財產之管理。
3 一般行政管理及總務事項。
(二) 簽證股：
1 出口報單副本之核發、補發、加註及更正。
2 國貨復運進口案件之核銷。
(三) 審核股：
1 連線 C1 出口報單之受理及審核。
2 放行後出口報單之電腦審核。
3 出口報單之理單分類，列印清表及編號裝袋。
4 未送審核出口報單之追蹤。
二、進口業務一課掌理進口報單之收單、建檔、分類估價、銷證及放行等
事項。分設七股辦事：
(一) 第一至第五股：
1 進口報單之收單、建檔。
2 進口貨物之分類估價。
3 核銷輸入許可證及其他簽審文件。
4 核定進口貨物之稅費及放行。
5 疑似大陸物品及到貨不符案件之處理。
6 行政救濟案件之處理。
7 逾期不退運或申請放棄貨物之處理。
8 掉換貨物之處理。
9 三角貿易及退運案件之處理。
10 C1 進口報單之補收單及逾期未補送報單之處理。
11 C1 進口報單之審核及應補應退稅費之簽辦。
(二) 貨樣股：
1 進出口貨樣之點收、登記、保管及發還。
2 運出口貨樣之借調及銷案。
3 逾期未發還貨樣之處理。
4 貨樣檔案文卷之管理及銷毀。
(三) 資料股：
1 國貨復進口案件及關稅法第三十條、第三十條之一案件之處理。
2 關務行政救濟案件之管理。
3 貨品送外化驗鑑定、稅則疑義解答，查價案件之管理。
三、進口業務二課掌理課徵進口貨物之稅費等有關事項。分設三股辦事：
(一) 文書股：
　　 1 特別准單之簽發。
2 進口貨物完、免稅照，臨時運單及查驗證之處理。
3 進口艙單及轉運申請書之處理。
4 進口貨物短溢卸之處理。
5 進口保稅案件之處理。
6 一般行政管理事項。
(二) 稅款股：
1 列印稅費繳納證及電腦放行通知單。
2 滯納金之核收。
3 稅之登錄及對帳。
4 編製各類稅收日、月報表。
5 押款之收取、退還及抵繳。
(三) 補稅股：
1 進口貨物補稅案件之登錄、查核及繕發補稅函件。
2 補稅異議案件之移送複查。
3 逾期欠稅案件之移送執行。
4 進口貨物課徵稅費改估案件之處理。
四、審核課掌理進口報單之審核、管理、追蹤等事項。分設二股辦事：
(一) 審核一股：　
　　 1 進口報單之收送、勾稽及追蹤。
2 審核用進口報單影本之造送。
3 進口證明書之核發。
(二) 審核二股：
1 進口報單之審核。
2 進口報單副本之核發。
五、出口業務課掌理出口報單之收單、核估、放行及其相關事項。分設三
股辦事： 　　　　
(一) 第一、二股：　
　　 1 連線 C2 、C3 出口報單之電腦比對補收單。
2 非連線出口報單之收單、建檔及補檔等事項。
3 C2、C3 出口報單之分估、放行。
4 出口報單申報錯誤之更正。
5 出口貨物違章及其行政救濟案件之處理。
6 侵害智慧財產權案件及偽標產地案件之處理。
(二) 第三股：
1 退運、三角貿易非連線出口報單之收單、建檔、補檔及其連線出
口報單之電腦比對補收單等事項。 　
2 退運、三角貿易出口報單之分估放行。
3 出口退關、註銷報關、退關轉船及提領出倉案件之處理。
4 輸出許可證修改及補發案件之簽證。
5 國洋貨復運出口案件之核銷。
6 出口貨物代收費用繳納證之核發、補發及欠費申請切結或暫銷之
處理。
7 申請代鍵進倉資料之處理。
六、稽查課掌理所轄各貨櫃集散站、進出口貨棧、保稅倉庫之監管及進出
口貨物之押運等事項。分設三股辦事：
(一) 倉庫一、二股：
1 貨櫃集散站、進出口貨棧及保稅倉庫之監管。
2 進口貨櫃 (物) 提領之抽核及放行單證之查核、重櫃出站准單之
簽證。
3 進口貨櫃拆櫃進倉，進儲貨棧及保稅倉庫之監視抽核。
4 進口貨物短溢卸報告、破損報告、私貨、扣抽押貨物之核對簽證
。
5 進出口貨物 (櫃) 經核准換櫃加作嘜頭、標誌、箱號之監視。
6 進出口貨物經核准看樣、取樣、打包、公證、重新包裝之查核。
7 進口艙單之過濾及存站貨櫃 (物) 之檢視。
8 出口貨櫃 (物) 進出棧之巡視查核。
9 貨櫃追蹤系統作業之查核。
(二) 督察股：
1 各項文件之收發、管理。
2 各種規費之徵收。
3 辦理各種押運業務。
4 一般行政管理事項。
七、驗貨課掌理進出口貨物查驗事項。分設三股，各股之職掌如左：
(一) 進出口報單之派驗。
(二) 進出口貨物之查驗。
(三) 進出口貨樣之提取。
(四) 緝私報告之繕寫。