科技工業機構應檢討提出所有得從事合作之項目、執行優先順序等有關具體分析資料及中長程計畫建議案，陳報主辦機關審查並彙編中長程計畫。
科技工業機構依中長程計畫或專案需求，擬訂工作計畫陳報主辦機關，主辦機關於核定後，並應陳報主管機關備查。科技工業機構與主辦機關為同一機關時，工作計畫由主管機關核定。
科技工業機構依工作計畫選定合作對象時，依下列程序辦理：
一、公開展示：包括計畫性展示與專案展示。展示通知應刊登於政府公報或新聞紙，並公開於資訊網路。
二、合作計畫書：合作計畫書由法人團體以書面提出，應詳細說明法人團體之特殊技術能力與資源、建議之合作項目、符合本辦法規定之具體事實，及主辦機關要求之其他配合事項。
三、成立評估小組：評估小組之成員應有七人以上，由主辦機關及科技工業機構派員組成，科技工業機構參與人數不得超過二分之一，必要時，主管機關得派員參與。評估小組之決議，以會議方式行之，二分之一以上小組成員出席，出席成員表決權二分之一以上之可決為之。評估小組得聘請律師、會計師或其他專業人士擔任小組顧問。
四、互訪：主辦機關或科技工業機構應與法人團體派員互訪，必要時主管機關得派員參與。
五、審查會議：評估小組應依法人團體之合作計畫書內容及互訪結果，召開審查會議，決議是否進行合作。
六、核定：審查會議決議，陳報主辦機關核定，核定後並陳報主管機關備查；評估小組由主辦機關成立者，應陳報主管機關核定。
七、簽約：科技工業機構與合作對象簽署合作契約。
機密以上之合作，得不適用前項第一款之規定。