稽核人員執行職務應逐案作成書面報告，陳總幹事提報理事會、監事會；如有違反法令規章之缺失事項，應由理事會討論具體改善辦法，作成決議，立即執行，並由監事會監察。
稽核人員撰寫稽核報告應正確詳實，其一般查核內容至少應揭露下列項目：
一、查核範圍、財務狀況、經營績效、資產品質、各項業務作業控制與內部管理、資訊管理、自行查核辦理情形及有違反法令規章之缺失事項，並加以評估。
二、營業單位對中央主管機關委託之金融監理機關或金融檢查機構、全國農業金庫、稽核人員與自行查核人員所提列檢查意見或查核缺失之改善情形。
第一項之書面報告，應由農會、漁會函報主管機關並副知全國農業金庫。
內部稽核報告及其工作底稿，應至少留存五年備查。