事業及污水下水道系統應於每年一月三十一日前，申報繳納前一年七月至十二月之水污染防治費；每年七月三十一日前，申報繳納當年一月至六月之水污染防治費。
事業及污水下水道系統應依中央主管機關規定之格式，以網路傳輸方式填具水污染防治費申報資料，並至中央主管機關指定金融機構代收專戶繳納水污染防治費後，向中央主管機關申報。但報經中央主管機關同意者，得以書面方式申報。
事業及污水下水道系統因歇業、污染源設備拆除或其他因素致無須繳納水污染防治費者，當期繳納日數以該期實際運作日數計之，並得於事實發生之日起三十日內，檢具相關證明文件，經直轄市、縣（市）主管機關認定後，向中央主管機關辦理結算及停徵作業。