中華民國九十九年七月十四日至本辦法一百零八年四月十日修正生效前經主管機關核定分期程興建或營運計畫，民間機構已向主管機關申請而尚未核發投資抵減證明之案件，適用修正後之第五條第四項規定。
民間機構參與交通建設購置設備或技術，其申請抵減營利事業所得稅，除抵減率依前條規定辦理外，其餘依下列規定辦理：
一、申請核發整項認定證明文件者，其申請適用申請時之規定。
二、依第五條第四項規定分期程興建或營運者，適用各期程核定時之規定。但屬前項規定情形者，得自本辦法中華民國一百零八年四月十日修正生效日之次日起六個月內依第五條第一項各款規定申請延期交貨、核發投資抵減證明文件或更正申報投資抵減。
三、前二款以外情形，適用交貨時之規定。