本條例第十六條第一項所定除役之處理程序如下：
一、依第一款規定除役者，現役人員，由所隸單位造具除役名冊，層報國防部或各司令部核定；預備役人員，於每年年底由國防部全民防衛動員署後備指揮部公告辦理；將級軍官由國防部辦理。
二、依第二款規定除役者，現役人員，由所隸單位造具除役名冊，檢附國軍醫院出具之除役人員辦理因病傷退伍除役檢定證明書，層報國防部或各司令部核定；預備役人員，由後備軍人管理機關依本人之申請，造具除役名冊，並檢附公立醫院檢定證明書，層報國防部核定。
三、依第三款規定除役者，現役人員，由所隸單位造具退伍名冊，檢附軍（司）法機關資料，層報國防部核定；預備役人員，由該管後備軍人管理機關依軍（司）法機關之通知或除役人員之申請，造具除役名冊，層報國防部核定。
四、依第四款規定除役者，由後備軍人管理機關造具除役名冊，層報國防部核定。
前項核定除役之軍官、士官，自現役直接除役者，應發給除役令；自預備役除役者，除禁役人員外，不發給除役令。
第一項第三款人員免除禁役後，由直轄市政府或縣（市）政府通知該管後備軍人管理機關，層報國防部註銷除役。