漁船有下列情形之一者，其經營者得檢具第八條規定之文件，向主管機關申請作業許可，不受第十一條申請程序及期限規定之限制：
一、經營者變更。
二、租用他人漁船並取得漁業證照。
三、新船建造完成後取得漁業證照。
四、依漁業法第十一條規定申請核准休業，休業終了復業。但不包含當年十一月一日後始申請核准休業，且休業時間未達三個月即復業者。
五、換發漁業證照。
六、經處收回漁業執照處分執行完畢，或罰鍰繳納完畢。
七、取得當年度作業許可之運搬船，申請增加作業洋區。
取得赴東大目鮪漁區、北長鰭鮪漁區、東太平洋漁區、東太劍旗魚漁區或南太平洋漁區作業許可之漁船，其經營者於許可期間內變更者，新經營者依前項規定申請作業許可時，主管機關應許可該船得繼續於當年度赴該漁區作業。