損益各科目個別查核規定：
一、營業收入及非營業收入：
（一）核對相關帳簿憑證，查明本年度結算申報營業收入總額與本年度總分支機構申報營業稅銷售額差異數之調節有無錯誤或不實。
（二）有銷貨退回者，應查明是否取具合法憑證、收回存貨並作沖轉紀錄；有銷貨折讓者，應查明是否取具合法憑證。
（三）有代銷業務者，應就其合約文件與相關帳簿憑證資料核對，查明委託關係是否存在，代銷記錄是否正確。
（四）易貨交易或以貨抵充價款者，應查明估價標準，並核對相關帳簿憑證資料。
（五）分期付款銷貨者，應查明損益計算方法是否合於規定，損益計算是否正確。
（六）承包工程者，應查明損益計算方法是否合於規定，損益計算是否正確。
（七）以包工包料方式建屋預售者，應查明損益計算方法是否合於規定，損益計算是否正確。
（八）受託代收轉付款項者，應查明是否合於規定，並取得合法憑證。
（九）交換資產者，應查明估價標準及交換損益計算是否正確。
（十）營利事業與地主合建分成、合建分售土地及房屋、或自行以土地及房屋合併銷售時，應查明房屋款及土地款之劃分情形。
（十一）其有退稅款者，應查明退稅款之處理是否合於規定。
（十二）採融資租賃方式出租資產者，應查明是否合於規定要件，利息收入與手續費收入之計算是否正確。
（十三）其他重大應行查核事項。
二、營業成本：
（一）抽查原料、物料、商品之入帳基礎是否合於規定，並取具合法憑證。
（二）進貨或進料發生損失者，應查明是否受有保險賠償，是否取具合法憑證；其有退出、折扣、折讓情形者，應查明是否核實列帳。
（三）外銷事業，有進口原料者，應查明其稅捐之處理，是否合於規定。
（四）商品、原料、物料、在製品、製成品及副產品之期初盤存，應查明是否與上年度核定數量及金額相符；其未經核定者，是否與上年度申報之期末盤存數量及金額相符。
（五）商品、原料、物料、在製品、製成品及副產品之成本計算，應查明計算方法之採用，是否合於規定；計算是否正確。
（六）製造業之原料耗用，經簽證依帳證紀錄核實認定者，應查明製造過程相關帳證表單及成本紀錄是否確實合於規定，並將查核內容、程序及結論作成翔實紀錄；經計算超耗者，應敘明所依據之耗料標準、計算方法及內容。
（七）如有廢料及下腳，應查明其處理，是否合於規定。
（八）直接人工與各項製造費用支出，除應與原始憑證帳表紀錄核對勾稽外，應參酌其成本會計制度，就生產過程各項相關紀錄，互為勾稽查證，比較分析其正確性。
（九）營建業建屋出售者，應查明其銷貨成本之計算方法，是否合於規定；計算是否正確。
三、各項損失及費用：
（一）應查明有無經營本業及附屬業務以外之費用。
（二）未實現之費用或損失，應查明是否依法律規定，或經財政部專案核准。
（三）應查明是否有應歸屬於營業成本之項目；或依規定應轉列資本支出之項目；或依規定應轉列遞延費用之項目。
（四）應抽查損失及費用之列支是否合於規定，並取具合法憑證；其有限制規定者，應查明是否超越規定之列支標準。
（五）中華民國境內之外國分公司，分攤其國外總公司管理費用者，應查明其是否合於分攤要件；分攤計算標準及提供文件是否合於規定；計算之分攤費用是否正確。
（六）中華民國境內總公司，將管理費用分攤予其境外分公司負擔者，除比照前目規定查核外，應查明總、分公司合併申報後，該管理費用有無重複列報情形。
（七）營利事業與其關係企業集中辦公，分攤共同費用者，應查明費用之分攤是否合於規定、計算是否正確並取具規定憑證。