秘書室分設四科，各科掌理事項如下：
一、文書綜合科：
（一）關於印信之蓋用及典守事項。
（二）關於文書處理之規劃、督導與公文收發、登記、分文及繕校事項。
（三）關於公文處理與業務基本資料整理成績之督導、考核及獎懲事項。
（四）關於檔案管理之策劃、督導與歸檔公文之點收、分類、裝訂、典藏
及檢調清理事項。
（五）關於本總局局務會報及年度業務檢討會會議紀錄事項。
（六）關於主官政績交待之彙編及移交清冊之報事項。
（七）關於綜合性業務資料與史料之蒐集、整理、保管及運用事項。
（八）關於分層負責之規劃、執行、督導及考事項。
（九）其他有關文書綜合業務事項。
二、公共關係科：
（一）關於機要文件之登收及處理事項。
（二）關於立法院、監察院各種會議或巡察建議案、決議案、質詢案之分
辦、彙整、協調及聯繫事項。
（三）關於輿論因應及新聞發布、連絡事項。
（四）關於國內、外各界人士一般性參觀、訪問、拜會之接待事項。
（五）其他有關公共關係業務之推展事項。
三、事務科：
（一）關於事務用品（消耗性物品）之採購、管理、分配事項。
（二）關於技工、工友之管理、督導事項。
（三）關於本總局集會及辦公處所佈置及清潔維護事項。
（四）關於水、電管理及電信費用核支事項。
（五）關於依法管理現金、票據、有價證券與其他保管品等之收付、移轉
、保管及出納帳表之登記、編製等事項。
（六）關於員工薪津（劃撥）發放及代扣繳所得稅等事項。
（七）關於根據會計憑證及其他合法通知，扣繳各種稅款及其他款項等事
項。
（八）其他有關事務業務之規劃、執行、督導及考核事項。
四、企劃科：
（一）關於年度施政計畫之彙編、選項列管、督導及考核事項。
（二）關於重要方案或上級指示、交辦案件之列管、追蹤、考核事項。
（三）關於各項業務考核管制與研究發展工作之策劃及推展事項。
（四）關於推行為民服務之規劃、執行、督導及考核事項。
（五）關於海巡業務法規之研究、整理、轉發事項。
（六）關於各業務單位制（訂）定、修正或廢止法規之審查事項。
（七）關於國家賠償事件之處理事項。
（八）關於訴願及行政訴訟案件之處理事項。