民間機構有本法第五十二條、第五十三條規定情事，經主辦機關終止投資契約者，應依下列規定辦理：
一、終止投資契約之原因不可歸責於民間機構者，其尚未適用之投資抵減，不得繼續適用。
二、終止投資契約之原因可歸責於民間機構者，應向稅捐稽徵機關補繳已抵減之營利事業所得稅額，並自抵減年度營利事業所得稅結算申報屆滿之次日起至繳納之日止，依郵政儲金一年期定期儲金固定利率，按日加計利息，一併徵收。
民間機構參與重大公共建設於完成總投資後，經主辦機關認定不符合本法第三條第二項規定之重大公共建設範圍者，應向稅捐稽徵機關補繳全部已抵減之營利事業所得稅額，並自抵減年度營利事業所得稅結算申報屆滿之次日起至繳納之日止，依郵政儲金一年期定期儲金固定利率，按日加計利息，一併徵收。
主辦機關依第一項規定終止投資契約，或依前項規定認定民間機構總投資不符合本法第三條第二項規定之重大公共建設範圍時，應即敘明事由及認定依據，並檢附自與該民間機構簽約之日起所核發之投資抵減證明文件影本，通知該民間機構所在地之稅捐稽徵機關。