會計師代理營利事業所得稅結算申報、股東可扣抵稅額帳戶變動明細申報及未分配盈餘申報之方法為：

一、查核簽證申報—應就委託人當年度有關關係人交易、所得額、股東可扣抵稅額帳戶變動明細、前一年度未分配盈餘及應納稅額之帳簿、憑證及有關文件，依所得稅法及相關法令規定，執行必要之查核程序，作適當之更正、調整與說明，翔實記錄工作底稿並提出簽證申報查核報告書；其屬營利事業所得稅結算申報案件，並應附委託人當期與前期之資產、負債、損益比較分析明細表，以供稽徵機關查核。

二、代辦申報—應就委託人當年度有關關係人交易、所得額、股東可扣抵稅額帳戶變動明細、前一年度未分配盈餘及應納稅額之帳簿、憑證及有關文件，依所得稅法及相關法令規定，擇要核對，其有不合規定者，應予調整並加具說明。