違反本辦法規定者，依本法第五十三條規定處罰如下：
一、違反第四條規定未向營業所在地之直轄市或縣（市）主管機關登記者處罰鍰。
二、違反第六條規定，酒精進口後供作與申報不符之用途或倉儲地點不符規定者，處罰鍰；違規者為酒製造業或進口業者，且情節重大或經限期改善，而屆期未改善，得廢止其設立許可。
三、違反第八條規定，酒精變性後還原為未變性狀態者處罰鍰。
四、違反第九條或第十條規定，未按時填送報表或填送報表不實，或未向購買人索取用途證明文件或直轄市或縣（市）主管機關核准購買文件，或未留存上開文件二年者處罰鍰。填送報表內容不全者，第一次由直轄市或縣（市）主管機關通知限期補正，第二次處罰鍰，第三次起加重處以罰鍰。