法務二科掌理綜合所得稅、遺產及贈與稅、貨物稅、菸酒稅、證券交易稅
、期貨交易稅、特種貨物及勞務稅行政救濟及違章處理等事宜。分設三股
，各股之職掌如下：
一、行政救濟第一、二股：
（一）復查案件之處理。
（二）訴願、行政訴訟案件之答辯、出庭及上訴等事項。
（三）其他有關行政救濟案件案例之分析及研究改進事項。
二、違章管制股：
（一）違章案件之審理及裁罰。
（二）裁罰案件更正之審理及核定。
（三）辦理裁罰審議小組決議事項。
（四）公文收發及案件之管制、催辦。
（五）舉發獎金之分配及核發。
（六）績效之統計。
（七）復查委員會及裁罰審議小組之提會相關事宜。
（八）其他行政事項之處理。