所長綜理所務，並指揮監督所屬職員及機關，其職責如左：
一、檢疫業務興革與技術之研究改進。
二、港區、疫情業務之督導與考核。
三、重要公文之核判及工作計畫之決定。
四、會計、財務收支及編製概算之提示。
五、本所所屬人員依法任免、遷調、考核及獎懲。
六、各單位工作之監督、指導與考核。
七、各單位主管及職員之差假依法核定。
八、重要會議之主持及出席參加。
九、所屬職員出國進修、訓練、考察之遴派。
十、其他有關所務之處理。